Cold Spring Harbor Laboratuvarı’nda (CSHL) çalışan bilim insanları, iGenomics adı verilen yeni bir akıllı telefon uygulamasıyla dünyanın ilk taşınabilir genom dizilimi çözümleyicisini geliştirmişler. Elde taşınabilen bir DNA diziciyle bir akıllı cep telefonunu eşleştiren kullanıcılar, Star Trek televizyon dizisindeki “tricorder”ı andıran taşınabilir bir genetik laboratuvarı oluşturabiliyorlar. Tamamen cep telefonu üzerinde çalışan iGenomics uygulaması, sahadaki büyük cihaz veya dizüstü bilgisayar ihtiyacını azaltarak salgın ve ekoloji çalışanları için kolay olanaklar sunuyor.
iGenomics uygulamasını CSHL’de misafir yardımcı profesör olan Michael Schatz’ın laboratuvarında programlayan Aspyn Palatnick, sekiz yıl boyunca geliştirdiği bu uygulamayı yazmaya 14 yaşındayken lisede stajyer olduğu zamanlarda başlamış.
Uygulama, Oxford Nanopore tarafından üretilen küçük DNA dizileme cihazlarını tamamlaması için geliştirilmiş. Şimdi Facebook’ta yazılımcı olan Palatnick, Schatz’ın laboratuvarına katılmadan önce de akıllı telefon uygulamaları geliştiriyormuş. “Dizileme cihazları giderek daha küçük hale geliyor fakat o DNA üzerinde taşınabilir bir cihazda çalışmanızı sağlayan hiçbir teknoloji yok. DNA üzerinde çalışmanın büyük bir bölümünü hizalama ile çözümleme oluşturuyor ve bunlar, büyük sunucu kümelerinde ya da son teknoloji dizüstü bilgisayarlarda yapılıyor” diyor Palatnick.
Schatz, salgınlar üzerinde çalışan bilim insanlarının “bu analizi uzaktaki sahalarda yürütmek üzere Nanopore’lar, dizüstü bilgisayarlar ve diğer sunucularla dolu valizlerle seyahat ettiklerini” fark etmiş. iGenomics, genom çalışmalarını daha taşınabilir, ulaşılabilir ve para yetirilebilir hale getirerek insanlara yardımcı oluyor.
Kullanıcılar, dizileme verisini birbirlerine kablosuz şekilde gönderebiliyor ve en uzak bölgelerde DNA çözümlemesini mümkün hale getirebiliyorlar; internet erişiminin olmadığı yerlerde bile. iGenomics, yakınlarda astronotların eline bile geçebilir.
Luis Sandoval/Cold Spring Harbor Laboratuvarı. Ç: O.
