Araştırmacılar, Retron Kütüphane Rekombinamühendisliği (RLR) adı verilen ve eş zamanlı şekilde milyonlarca mutasyon oluşturabilen yeni bir gen düzenleme aracı ile ‘barkod’ mutant bakteri hücreleri oluşturmuşlar. Bu sayede gen havuzunun tamamı tek seferde taranabiliyor. Düzenleme oranlarını iyileştiren yöntem, CRISPR’ın zararlı olduğu veya uygulanamadığı durumlarda kullanılabilir.
CRISPR-Cas9 gen düzenleme sistemi, yapay biyolojide yeniliğin simgesi haline gelse de bazı önemli kısıtlamalar barındırıyor. CRISPR-Cas9, DNA’nın belirli parçalarını bulup kesmek üzere programlanabiliyor fakat DNA’nın istenen mutasyonları oluşturmak amacıyla düzenlenmesi, hücreye bu kırılmayı tamir etmek için yeni bir DNA parçası kullandırmayı gerektiriyor. Bu hücre kandırma işleminin düzenlenmesi zorlaşabiliyor ve Cas9 sık sık istenmeyen, hedef dışı bölgeleri de kestiği için zararlı bile olabiliyor.
Rekombinamühendislik adı verilen alternatif düzenleme yöntemleri, bu sağ gösterip sol vurma işlemini hücre genomunu kopyaladığı sırada değişimli bir DNA parçası sunarak gerçekleştirebiliyor. Böylelikle DNA kırılmadan, etkili bir şekilde genetik mutasyonlar oluşturuluyor. Söz konusu yöntemler, araştırmacıların üzerinde çalışma yapması için pek çok hücrede tek seferde kullanılıp karmaşık mutasyon havuzları meydana getirecek kadar basit. Fakat bu mutasyonların ne gibi etkileri olacağını hesaplamak, her bir mutasyonun izole edilmesini, dizilenmesini ve ayırt edilmesini gerektiriyor. Pratik olmayan bu iş, zaman alıyor.
Şimdiyse Harvard Üniversitesi Wyss Biyoloji İlhamlı Mühendislik Enstitüsü ile Harvard Tıp Fakültesi’nde çalışan araştırmacılar, Retron Kütüphane Rekombinamühendisliği (RLR) adı verilen ve bu işi kolaylaştıran yeni bir gen düzenleme aracı oluşturmuşlar. Eş zamanlı şekilde milyonlarca mutasyon ve “barkod” mutant hücre oluşturabilen RLR, bütün gen havuzunun tek seferde taranmasını ve dev miktarda verinin kolayca üretilip analiz edilmesini sağlıyor. Bakteriyel hücrelerde elde edilen başarı, geçenlerde PNAS bülteninde yayımlanan bir makalede anlatıldı.
Lindsay Brownell/Harvard Üniversitesi Wyss Biyoloji İlhamlı Mühendislik Enstitüsü. Ç: O.
