Dünya koronavirüs (COVID-19) salgınıyla mücadele ederken, geçtiğimiz aylarda Demokratik Kongo Cumhuriyeti’nde başka bir virüs hortladı: Ebola virüsü. Bu virüs 2013 yılında ortaya çıktığından beri, Afrika’da dönem dönem yeniden görüldü ve kurbanlarında korkutucu kanamalara ve birçok durumda da ölüme yol açtı.
Hücreleri ele geçirip çoğalan ve onları virüs üreten makinelere dönüştüren bu bulaşıcı canlılarla nasıl savaşabiliriz? Moleküler seviyedeki bilim, üstünlük sağlamak için çok önemli. Delaware Üniversitesi’nde çalışan profesör Juan Perilla’nın laboratuvarı da böyle bir çalışma yürütüyor.
Perilla ile üniversite ve yüksek lisans öğrencilerinden oluşan araştırma takımı, DÜ Kimya ve Biyokimya Bölümü’nde süperbilgisayarlar kullanarak Ebola’nın iç işleyişlerini canlandırıyor ve moleküllerin atom atom nasıl hareket edip, işlevlerini yerine getirdiklerini gözlemliyorlar. Takımın son çalışması, virüsün sarmal protein kabuğunun veya nükleokapsidinin yapısal özelliklerini ortaya çıkarıyor. Kabuğun özellikleri, tedaviye yönelik hedefler açısından umut vermenin yanısıra bir antivirüs tedavisi ile daha kolay istikrarsızlaştırılıp etkisiz hale getirilebilir.
“Ebola’nın nükleokapsidi, yürüyen yay oyuncağına benziyor ve etrafındaki halkalar birbirine bağlı” diyor Perilla. “Bilgisayar canlandırmalarımızda, bu yayın istikrarının hangi etmenler tarafından kontrol edildiğini bulmaya çalıştık.”
Ebola’nın yaşam döngüsü, büyük oranda bu sarmal nükleokapside bağlı. Nükleokapsid, virüsün sadece bir ribonükleik asit ipliğinden (ssRNA) meydana gelen genetik maddesini çevreliyor. Nükleoproteinler, hücresel savunma mekanizmalarının bu RNA’yı tanımasını önlüyor. Bu nükleoproteinler, VP24 ve VP30 gibi farklı virüs proteinlerinin etkileşimleri yoluyla virüsün kopyalanması ve çoğaltılması için asgari derecede işlevsel bir birim (bir kopya makinesi) oluşturuyor.
Nükleoproteinler, nükleokapsidin istikrarı için önemli olsa da; Perilla’nın söylediğine göre takımın elde ettiği en şaşırtıcı bulgu, tek iplikli RNA bulunmadığı zaman nükleokapsidin hızla bozulması. Fakat RNA, onu tek başına istikrarlı hale getiremiyor. Takım ayrıca, yüklü iyonların nükleokapside bağlandığını da gözlemlemiş. Bu sayede, virüsün hayat döngüsü boyunca yapıya bağlanıp onu istikrarlı hale getiren diğer önemli hücresel işlevlerin nerede olduğu ortaya çıkarılabilir.
Delaware Üniversitesi. Ç: O.
