Cologne Üniversitesi’nde çalışan araştırmacılar model olarak Caenorhabditis elegans organizmasını kullanarak, bir canlının biyolojik yaşını doğrudan o canlının gen ifadesinden; transkriptomundan okuyan bir ‘yaşlanma saati’ geliştirmişler. Biyoenformatikçi David Meyer ile genetik profesörü Björn Schumacher, yeni makalelerinde BiT (ikili transkriptomik yaşlanma saati) yaşını tanımlıyorlar.
Kronolojik yaşı; yani doğumumuzdan bu zamana kadar olan yaşı hepimiz biliriz. Fakat biyolojik yaş, bazı zamanlar önemli miktarda olmak üzere farklılık gösteriyor. Herkes farklı şekilde yaşlanıyor. Bilim insanları, yaşlanma saatleri kullanarak bir canlının biyolojik yaşını belirleyebiliyorlar. Horvath epigenetik saati gibi yaşlanma saatleri, şimdiye kadar metillenme kalıplarına dayanıyordu (DNA’ya bağlanan ve yaşla beraber değişen ufak kimyasal gruplar). Yeni saat ise transkriptom kullanarak, hücrede protein yapmak için DNA’dan okunan gen dizilerini de hesaba katıyor.
Transkriptomun, şimdiye kadar yaş belirlemede çok karmaşık olduğu düşünülmüş. Genler bazen çok büyük miktarda mRNA yazarken, bazen ufak miktarda yazıyor. Bu yüzden, gen faaliyetine dayalı hassas yaşlanma saatleri geliştirmek mümkün olamamış. Meyer ve Schumacher’in yeni yaklaşımı, gen faaliyetindeki bu farklılıkları gidermek için matematiksel bir hile kullanıyor. İkili hale getirilmiş transkriptom yaşlanma saati, genleri açık ve kapalı olmak üzere iki gruba ayırıyor ve bu sayede yüksek farklılık oranını en aza indiriyor. Bu durum, yaşlanmanın transkriptomdan tahmin edilmesini sağlıyor. “Bu basit işlem, şaşırtıcı bir şekilde biyolojik yaşın yüksek isabetle tahmin edilmesini sağlıyor; isabetliliğin kuramsal sınırlarına yakın ölçüde… En önemlisi de, bu yaşlanma saatinin yüksek yaşlarda da çalışması. Daha önce yüksek yaşları ölçmek zordu çünkü gen faaliyetindeki farklılıklar, bu zamanlarda çok yüksek oluyor” diyor Meyer.
Cologne Üniversitesi. Ç: O.
