Johns Hopkins Tıp Enstitüsü’nde çalışan ve laboratuvardaki kanser araştırma modellerini canlı insanlarda meydana gelen durumlarla daha iyi karşılaştırmak isteyen bilim insanları, kültür ortamında yetiştirilen insan kanser hücrelerinin insan kaynaklarıyla asgari genetik benzerlik taşıdığını gösteren bilgisayar tabanlı yeni bir yöntem geliştirdiklerini aktarıyor.
Araştırmacıların söylediğine göre bulgular, genetik mühendislik uygulanmış fareler ve “tümöroit” olarak bilinen 3 boyutlu insan doku topları gibi kanser modellerine daha fazla kaynağın odaklanmasına yardımcı olabilir. Bu sayede, insan kanser biyolojisi ve tedavileri ile kanserin büyümesi ve ilerlemesinden sorumlu genetik hatalar daha iyi değerlendirilebilir.
Johns Hopkins Üniversitesi ve Johns Hopkins Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde yardımcı biyolojik mühendislik profesörü ile yeni çalışmanın baş yazarı olan Dr. Patrick Cahan şöyle aktarıyor: “Kanser hücresi hatlarının genetik bakımdan diğer modellerden üstün olması bilim insanlarına şaşırtıcı gelmeyebilir. Fakat genetik mühendislik uygulanmış fareler ve tümöroitlerin karşılaştırıldığı zaman bu kadar iyi çalışması bizi şaşırttı.”
CancerCellNet (kanser hücresi ağı) şeklinde adlandırılan bu yeni yöntemde, bir araştırma modelinin RNA sekansları ile bir kanser genom atlasından alınan veriler bilgisayar modelleri yardımıyla karşılaştırılıyor ve bu iki setin ne kadar yakından eşleştiğine bakılıyor.
Araştırmacıların keşfettiğine göre genetik mühendislik uygulanmış fareler ve tümöroitler, ortalama olarak test edilen her 5 tümör tipinden 4’ündeki genom atlası taban verisiyle en çok uyum gösteriyor; bunlara meme, akciğer ve yumurtalık kanserleri de dahil.
Araştırmacılara göre bu yeni çalışma, laboratuvarda yetiştirilen kanser hücresi hatlarının insan kaynaklarına pek benzemediğine yönelik bulgulara yenilerini ekliyor; çünkü bir insan hücresinin doğal ortamı ile laboratuvarda yetiştirilen bir hücrenin ortamı arasında karmaşık farklılıklar bulunuyor. “Tümörleri doğal ortamlarından çıkardığınızda, hücre hatları değişmeye başlıyor” diyor Cahan. Çalışma Genome Medicine bülteninde yayımlandı.
Johns Hopkins Tıp Enstitüsü. Ç: O.
