SARS-CoV-2’nin (COVID-19’a sebep olan virüs) baskın G varyantı üzerinde atomik seviyede yürütülen geniş çaplı süperbilgisayar canlandırmalarına göre, virüsün daha bulaşıcı olma sebeplerinden biri de virüsün vücuttaki hedef konak reseptöre diğer varyantlara (alttür) kıyasla daha kolay bağlanması. ABD Enerji Bakanlığı’na bağlı Ulusal Los Alamos Laboratuvarı’nda çalışan bilim insanlarının önderliğinde yürütülen araştırma, G formunun sebep olduğu enfeksiyon ile buna karşı oluşan antikor direncindeki işleyişleri aydınlatıyor. Dün Science Advances bülteninde yayımlanan bulgular, aşı geliştirme sürecine yardımcı olabilir.
Makalenin eş yazarı Gnana Gnanakaran şöyle aktarıyor: “Diken proteininin temel yapı taşları arasındaki etkileşimlerin, G formunda daha simetrik hale geldiğini ve bu durumun, konaktaki yani bizdeki reseptörlere bağlanmak üzere daha fazla fırsat sağladığını bulduk. Fakat bu durum aynı zamanda, antikorların virüsü daha kolay etkisiz hale getirebileceği anlamına geliyor. Aslında bu varyant, reseptöre bağlanmak için kafasını kaldırıyor ve böylelikle antikorlar ona saldırma fırsatı buluyor.”
Araştırmacılar, D614G adıyla da bilinen bu varyantın daha bulaşıcı olduğunu ve antikorlar tarafından etkisiz hale getirilebileceğini biliyor; fakat nasıl olduğunu bilmiyorlarmış. Bir milyondan fazla tekil atomun canlandırıldığı ve yaklaşık 24 milyon işlemci saati süperbilgisayar çalıştırılan yeni araştırma, bahsi geçen varyanttaki Diken’in davranışı hakkında moleküler seviyede detay sağlıyor.
SARS-CoV-2’ye yönelik mevcut aşılar, virüsün asli D614 biçimine dayanıyor. G varyantına yönelik elde edilen bu yeni bilgiler (G formuna yönelik atomik seviyede yapılan en kapsamlı süperbilgisayar canlandırmaları), gelecekteki aşıların bel kemiği olabilir.
Araştırma takımı D614G varyantını, SARS-CoV-2’nin sebep olduğu COVID-19 salgını arttığı esnada, 2020’nin başlarında keşfetmiş. Söz konusu bulgular Cell bülteninde yayımlanmıştı. Bilim insanları, Diken proteininde bir mutasyon olduğunu gözlemlemiş. (Tüm varyantlarda, virüse ismini veren özgün taç şeklini kazandıran şey, bu Diken proteini). Adını, SARS-CoV-2 genomunun 614. konumundaki aspartik asidin yerine geçen amino asitten alan bu D614G mutasyonu, dünya çapında haftalar içerisinde baskın hale gelmiş.
Diken proteinleri, hücrelerimizin pek çoğunda bulunan belli bir reseptörü Diken’in reseptör bağlanma bölgesi aracılığıyla bağlanıyor ve nihayetinde enfeksiyona yol açıyor. Bu bağlanma işlemi, reseptör bağlanma bölgesinin kapalı bir şekilden çıkarak açık şekle dönüştüğü yapısal bir değişim gerektiriyor. Kapalıyken bağlanamıyor fakat açık olduğunda bağlanabiliyor.
Bu yeni araştırmada yapılan canlandırmalar, Diken proteininin yapı taşları arasındaki etkileşimlerin, yeni G form varyantında asli D form alttürüne göre daha simetrik olduğunu gösteriyor. Bu simetri, açık biçimde daha fazla viral Diken’e yol açıyor ve bu sayede virüs, bir insana daha kolay şekilde bulaşabiliyor.
ABD Enerji Bakanlığı/Ulusal Los Alamos Laboratuvarı. Ç: O.
Merhablar. Yazıda 24 milyon işlemci saati süperbilgisayar demişsiniz. Çeviride bir hata mı oldu yoksa benim mi bir yanlışım var? Çünkü saat hızı 3,2 GHz olan bir işlemci, saniyede 3,2 milyar döngü gerçekleştirir. 24 milyon işlemci saati (24 milyon döngü) 24 megahertzlik bir hız demek. Bu günümüz şartlarında çok çok düşük bir işlemci hızı. Teşekkürler.